在我国“基本医疗保险目录”与“商业健康保险创新药目录”并行的“双目录”机制背景下，文章聚焦商业健康保险创新药目录的运行逻辑，系统分析其面临的关键问题与制度挑战。回顾我国2015—2025年创新药支持政策，梳理商业健康保险创新药目录首年形式审查的总体特征，比较“双目录”机制在保险原理、风险分担机制、资金性质和收支目标方面的逻辑差异，重点讨论商业健康保险创新药目录在激励机制、医疗公平、跨目录协调及临床实施等方面可能面临的制度性挑战。在此基础上，从制度设计、支付安排、研发生态及医疗服务体系衔接等维度探讨“双目录”机制的优化路径，为多层次医疗保障体系下创新药支付政策的完善提供参考。